Noto che nelle impostazioni è possibile scegliere tra PHP mail() e SMTP come metodo per inviare le email.

Non conoscendo le differenze, mi rivolgo a voi: quale conviene scegliere?

il metodo php usa uno script che fa lavorare direttamente il server per l'invio delle mail (quindi ciascuno potrebbe avere dei limiti diversi sul proprio server), l'altro metodo invece affida l'invio delle mail ad un server diverso smtp

Ma se io inserisco i dati smtp del mio server non cambia niente vero?

non so bene ma non penso che sia la stessa cosa. perchè il primo metodo usa uno script php, mentre il secondo forse usa un sistema diverso